统计显示，2013年全国收费公路车辆通行费总收入为3652亿元，而支出总额为4313亿元，亏损661亿元。2011年以来，全国收费公路已经是连续3年亏损了，而且一年比一年多。连年亏损说明，收费公路模式的可持续性出了问题。
全国收费公路亏损，是由两方面原因导致的。原因之一是收入增长比支出增长慢，这反映了建设的速度快于交通量的增长，或者说供给的增长快于需求。高速公路是收费公路的主要组成部分，近年建设速度很快，自2010年以来，每年新增里程都在1万公里上下，而之前10年只是每年5000公里上下。建设速度快，债务增长就快，从2010年到2013年，高速公路债务余额由19136亿元增加到31286亿元，增长63.5%。相应地，支出增长也非常快，全国收费公路2013年的支出较2010年增长了52.6%，而收入仅增长了27.7%。2010年时收费公路是盈利的，但由于收支增长的不平衡，随后几年都是亏损。这种状况表明，全国高速公路已经相对过剩了（同时还有一些高速公路经常性地拥堵）。
原因之二是利息支出和管理支出太多。偿还债务利息的支出大于偿还债务本金的支出，分别为1707亿元和1440亿元；运营管理支出大于养护经费支出，分别为457亿元和390亿元。我们可以将偿还本金和养护经费看作是收费公路的固有成本，而偿还利息和管理费用看作是附属成本，后者因公路建设及运营的方式不同而不同，前者则不因方式变化而变化。也就是说，附属成本并不是必要的。非必要的成本高于必要的成本，收费公路当然难免亏损。
这两方面的原因，很大程度上都是由收费公路模式导致的。首先，收费模式直接导致了管理费用高。要收费，必须有收费人员和管理人员，以及办公设施和公司实体。由此又产生了税费支出（2013年为214亿元）。如果没有管理费用和税费支出，2013年收费公路并不亏损。
其次，收费模式是造成高速公路相对过剩的重要原因。要想富，先修路，公路建设承担着引领地区经济发展的重任，地方政府当然愿意多修路，但在收费公路模式下，修路的主要成本却并不由他们承担，这就产生了外部性，地方政府推动公路建设的成本和收益并不对等。收费公路模式的理论基础是“用路者付费”，但外部性使这个理论不能成立。外部性使供给的增长快于需求，即使需求和资金都不支持修那么多路，地方也会通过借债把路先修起来。这些年，收费公路的发展主要靠借债，债务性资金投入已占累计建设投资总额的69%。于是，全国收费公路车辆通行费收入中，用于偿还债务本息的比例从2010年的60.62%上升到2013年的86.2%。
第三，如此重的负债又导致还债期拉长，利息支出增加，超过偿还本金的支出。进一步的后果是在收费期限满之后，债务还没有还完，于是地方政府延长收费期限，引得民怨沸腾。
由此可见，收费公路模式的弊端很多，应该逐步改变。这些年，收费的一级公路、二级公路越来越少，而免费的高速公路越来越多（2013年已达4000公里，而2010年时只有几百公里），这可以作为改变收费公路模式的探索。
